L'Institut BCDE est associé à plusieurs partenaires ou communautés de la vie scientifique française:
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Dans le périmètre BCDE, les différents programmes d'investissements d'avenir ont abouti à la création des programmes suivants:
Trois PEPR dans le cadre de France 2030 :
| Un PEPR de Stratégie Nationale, Santé des femmes, santé des couples |  |
| Le PEPR exploratoire MED-OOC |  |
| Le PEPR exploratoire Cell-ID |
Les LABEX suivants :
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Les projets nationaux parmi lesquels les infrastructures :
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Les Equipex:
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